Село Боженци е създадено след турското нашествие в Търново в края на 16 век. Тогава от столицата на България голяма част от гражданите се заселват в трудно достъпните части на Балкана.
Сред тях е младата болярка Божана, която избира за своя убежище мястото, на което в момента е село Боженци. Синовете на болярката започнали да търгуват.
С течение на времето селото се разрастнало и през периода на Възраждането се превърнало в главно кръстовища за търговците от XVIII век. Основно от там се продавали кожа, вълна, восък и пчелен мед.
Близо до единия край на селото е запазен римски път за Габрово, а от друга страна  започва пътека за Трявна.
След Освобождението се създават фабрики, които конкурират местните занаятчии и селото започва да запада.
През 1962 г. започва реставрация на някои къщи, а също и цялостното възстановяване на селото.
Боженци е обявено за Архитектурен-исторически резерват от 28-ми януари 1964 г.
Селото е запазило възрожденска си архитектура, има забрана за строеж на сгради, които не са в унисон със стила на селото.
Тъй като жителите на селото по време на турското робство са били богати, повечето от къщите са двуетажни. Първият етаж се е използвал за магазин или работилница, а на втория живеели собствениците.