Основана е през 1907 г. Жителите на столицата в България я наричат Руската църква. Била е предназначена за дипломатическата мисия на руската държава в България.
Църквата „Св. Никола Мирликиийски“ е православна църква построена в България и една от най-красивите църкви разположена близо до църквата „Александър Невски“.
Изграждането на църквата е продължило в продължение на няколко години. А самата тя е осветена през 1914 г., в навечерието на Първата световна война. Църквата е построена на мястото на руското посолство в София. Проекта на храма е изработен от Михаил Преображенски специално за нуждите на руските емигранти в българската столица.
След революцията от 1917 г. църквата е отворена за всички руски емигранти в България.
Храма е построен в традициите на руската църковна архитектура с древноруски елементи, като купол във вид на „луковица“. В съчетание с традиционната руска мозайка и резба, църквата носи отпечатъка на съвременната архитектура..
Стените на храма са рисувани от руски художници, начело с Василий Перминов. В иконостаса са поставени 4 икони, които се явяват копие на иконите в Киевския събор на Св. Владимир. Това са изключителни образци на руската иконна живопис от началото на XX век. Църковни камбани са дарени на църквата от император Николай II.
След 1947 г., църквата е била прехвърлена към Московската патриаршия.
В криптата на храма е гробът на първия архиепископ на Църквата св. Серафим Соболев. По мнението на много православни християни, Серафим е бил чудотворец.