„Нарекох този остров Isla de los Alcatraces (Островът на пеликаните), защото тук има такова изобилие от тях“.

Испански лейтенант Хуан Мануел де Аяла, 1775г.

Скалата е  официално открита и кръстена от Хуан Мануел де Аяла през 1775 година, местните индианци олони, или костано, са събирали яйца и са ловили риба около острова поколения преди това. Няма свидетелства някога там да е съществувало постоянно селище, макар че близкият Ангелски остров е бил населен.

През 1853 година на Алкатраз е построен първият фар на Западното крайбрежие. Тъй като мъглата често правела фара безполезен, в него имало камбана, която да се бие на ръка. Сто и десет години по-късно, през 1963-та, той бил автоматизиран. Къщата с камбаната за мъгла стои и до ден-днешен; фарът още работи.

Днес считаме Алкатраз за бивш федерален затвор, но има документи от около 1861 година, които сочат, че там са били държани пленници от Гражданската война. Първият официален затвор е построен през 1867-а. До 1933-та затворът бил военен, след което станал федерален. Повечето легенди около Скалата и прочутите й обитатели — сред които и Ал Капоне, който лежал там между 1932-ра и 1939-а — датират от това време. Алкатраз изпълнявал ролята на федерален затвор само трийсет години, преди да бъде закрит през 1963-та.

Шест години по-късно група от осемдесет индианци, представители на повече от двайсет различни племена, дебаркирали на изоставения и пустеещ остров и се опитали да го завладеят за индианска територия. В политическо изявление групата, която сама се наричала „Индианци от всички племена“, предложила да откупи острова от американското правителство срещу „24 долара в стъклени мъниста и червен плат“.

Целта на тази иронична оферта била да покаже убеждението на индианците, че островът е откраднат от тях. Те искали да си върнат онова, което смятали за индианска земя, и да създадат там Център за индиански изследвания и Велико училище по индианско обучение. Окупацията на Алкатраз от индианците продължила деветнайсет месеца и макар че в крайна сметка се провалила и активистите били отстранени, тя успяла да привлече внимание към тежкото положение на индианците в Съединените щати. Днес по сградите на острова могат да бъдат видени надписи от този период, най-вече по стената зад голямата табела на пристана. Върху официалната табела на Американските затвори с червена боя са изписани думите „Индианци, добре дошли“ и „Индианска земя“.

През 1972-ра Алкатраз става част от Националната туристическа зона „Голдън Гейт“ и всяка година островът е посещаван от над милион души.