Главната особеност на Мачу Пикчи е прекрасната изработка на масивни камени стени и огради, строени без хоросан и използване на колело или на впрегатни животни.

Характерен е строежът от многоъгълни камъни, свързани така точно, че е невъзможно да се промуши дори и най-тънкия нож между сглобките. Така инките постигали устойчивост на сграда в сеизмична област.

Някои предполагат, че при строежа на сградите в Мачу Пикчуе е приложена лазерна технология. Мистерията около изграждането на този древен град се засилва от липсата на документи, разкриващи как точно са построени сградите.

Инките са имали гилдия на професионални архитекти за проектирането и организирането на строителството. Те са били специалисти в пригаждане формата на конструкцията към особеностите на терена, върху който са строили.

Съществуващите скални образования са били оползотворявани при строителството. На предните стени на скалите са изваяни скулптори, а в каменните канали е текла вода.

Повечето от сградите в Мачу Пикчу са от гранитни блокове и е възможно да са дялани с бронзови и каменни сечива, а след това оглаждани с пясък.