През XIV век чумата унищожила една трета от населението на града.

По време на Реформацията, Залцбург остава една от основните крепости на католицизма в германските земи. Още през 1731 г. протестантите били изгонени от града.

Първата пивоварна се е появила в града през 1492 г. Тя е наречена Stiegl-Brauwelt и продължава да работи и в наши дни.